Os Programas de Residência do Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER) são reconhecidos e credenciados pelos Ministérios da Saúde e da Educação. Sua carga horária total é de 5.760 horas cumpridas durante dois anos, incluindo atividades teóricas, teórico-práticas e práticas, devendo ser cursadas em regime de dedicação exclusiva nos termos do artigo 13, § 2º da Lei Federal nº 11.129/2005 e Resolução CNRMS nº 2 de 13 de abril de 2012.